Хованщина
Высшим стрелецким начальником Софья назначила князя И. А. Хованского, популярного среди стрельцов, и сторонника Милославских. Софья надеялась, что Хованский утихомирит стрельцов, но тот, видимо, решил играть свою игру.
Он потакал стрельцам во всём и, опираясь на них, пытался оказывать давление на правительницу, уверяя её: «Когда меня не станет, то в Москве будут ходить по колена в крови.» Стрельцы продолжали контролировать Кремль под предлогом его охраны, сохраняя за собой возможность выдвижения новых унизительных и разорительных требований к правительству. Это время и получило в русской истории название Хованщина.В это время, почувствовав слабость правительства, старообрядцы, подвергавшиеся до той поры жестоким преследованиям со стороны царской власти, решили, что наступил их час. Их активисты собрались в Москве из дальних скитов и проповедовали в стрелецких полках возврат к старой вере. Эти претензии были с энтузиазмом поддержаны Хованским, который нашёл в этом ещё один рычаг давления на правительство. Но ни стрелецкий начальник Хованский, ни правительница Софья, при всём желании, не могли решать этот вопрос, находившийся в компетенции церкви — патриарха и архиереев. Церковь же, долгое время проводившая в жизнь реформы патриарха Никона, не могла теперь от них отказаться, не утратив полностью свой авторитет в глазах народа. Заодно с патриархом была и Софья, для которой возврат к старой вере означал признание неправоты её отца, царя Алексея Михайловича, и брата, царя Фёдора Алексеевича, поддерживавших новый обряд.
Для разрешения спора старообрядцы предлагали открытый теологический диспут между апологетами новой и старой веры, который должен быть проведён на Красной площади в присутствии всего народа. Старообрядцы полагали, что перед лицом народа все ереси и неправды никонианские станут очевидными, все увидят и признают истину старой веры.
В действительности же различия между новым и старым обрядами касались многочисленных деталей литургии, и орфографии написания религиозных текстов. Смысл этих различий был понятен лишь профессиональным священнослужителям, да и то не всем, а только наиболее образованным из них.За идею диспута ухватился Хованский и стал добиваться проведения её в жизнь. Патриарх возражал против проведения диспута на площади, понимая, что победа в нём будет зависеть не от аргументов и логики, а от симпатий толпы, изначально настроенной против власти и поддерживаемой ею официальной церкви. Патриарх предлагал провести диспут в Грановитой палате Кремля, где не может поместиться много простонародья, и ему составят значительный противовес патриаршья свита, царская дворня, бояре и стража. Софья активно вмешалась в этот спор на стороне патриарха, выразив желание присутствовать на диспуте вместе с царевнами — своими сёстрами и тётками, а им, как девицам, по строгим понятиям того времени, появляться на площади было зазорно. Хованский и старообрядцы после долгих пререканий согласились, в конце-концов, на Грановитую палату, и 5 июля диспут о вере состоялся. Официальную церковь представлял патриарх Иоаким, старообрядческую — Никита Пустосвят. Спор свёлся ко взаимному обвинению сторон в ереси и невежестве и, в конце-концов, к ругани и чуть ли не к драке. Старообрядцы покинули Кремль с поднятой головой и на Красной площади объявили всенародно о своей полной победе.
В этих словах содержалась неприкрытая угроза: покинув Москву, и освободившись от опеки стрельцов, правительство могло объявить созыв дворянского ополчения — силы, способной подавить стрельцов. Стрельцы отступились от старообрядцев, обвинив их в смуте и желании восстановить их против царей, а вечером этого же дня расправились с Никитой Пустосвятом, обезглавив его. Хованский едва успел спасти остальных старообрядцев, которым он ранее гарантировал безопасность. После этого случая Софья больше не рассчитывала на помощь Хованского и рассматривала его, как одного из главных своих противников.
Зависимое от стрельцов положение правительства продолжалось до середины августа, пока Софья не нашла способа привести в исполнение свою угрозу. 19 августа должен был состояться крестный ход в Донском монастыре, в котором по обычаю должны были принимать участие цари. Воспользовавшись этим царская семья в полном составе (оба царя, обе вдовствующие царицы — Наталья и Марфа, и восемь царевен — две тётки и шесть сестёр царей, в том числе, правительница Софья) под конвоем царских стольников выехала, якобы в монастырь, но по дороге свернула в Коломенское — подмосковное имение царской семьи, откуда они по просёлкам, в объезд Москвы к 14 сентября добрались до села Воздвиженского на Ярославской дороге, в нескольких верстах от Троице-Сергиевого монастыря, который был выбран в качестве царской резиденции на время противостояния со стрельцами. Сюда же собрались остатки боярской думы и царской дворни. Эти манёвры встревожили стрельцов. Князь Хованский с сыном Андреем отправились в Воздвиженское договариваться с правительницей, но в Пушкине, где они заночевали по дороге, были схвачены сильным отрядом царских стольников, и 17 сентября (день рождения Софьи) привезены в Воздвиженское, как пленники. Здесь, у околицы, в присутствии нескольких бояр отцу и сыну было зачитано обвинение в намерении погубить царей и самим завладеть престолом, и смертный приговор, который был тут же приведён в исполнение. Софья же перенесла свою ставку в Троицу и стала собирать ополчение.