Структура Держмитслужби..

Керівництво: Голова;

1-й заступник Голови; Заступник Голови.

Департаменти, управління та відділи:

- Управління забезпечення діяльності Голови Служби;

- Організаційно-розпорядчий департамент;

- Департамент організації митного контролю та оформлення;

- Департамент митних платежів;

- Департамент класифікації товарів та заходів регулювання зовнішньоекономічної діяльності;

- Департамент кадрової роботи;

- Управління правового забезпечення;

- Управління фінансів, бухгалтерського обліку та звітності;

- Контрольно-ревізійний відділ;

- Департамент розвитку митної інфраструктури та міжнародного співробітництва;

- Департамент митних інформаційних технологій та статистики;

- Департамент боротьби з контрабандою, аналізу ризиків та протидії корупції;

§ Центральне митне управління лабораторних досліджень та експертних робіт.